O NESP conta com investimentos da UnB, em sua parte de infra-estrutura e materiais de consumo e ainda com apoio aos projetos a partir de parcerias diversas, entre elas os Ministérios da Saúde (Secretaria de Vigilância em Saúde, Departamento de Apoio à Descentralização, Departamento de Atenção Básica, FUNASA, Programa Nacional de DST/Aids, Secretaria de Ciência e Tecnologia e outros), Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA), Ministério da Justiça (Secretaria de Direitos Humanos), Ministério da Ciência e Tecnologia, a Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal, a Fundação de Ensino e Pesquisa em Saúde do DF (FEPECS), Fundação de Apoio à Pesquisa do DF (FAP-DF), Organização Pan-Americana de Saúde (OPAS), Faculdade Latino Americana de Ciências Sociais (FLACSO-Brasil), Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (UNESCO), Grupo Estruturação, entre outras.
Instituições parceiras:
Ministério da Saúde;
Ministério de Ciências e Tecnologia;
Ministério da Integração Nacional;
Organização Pan-Americana de Saúde;
Secretarias Estaduais de Saúde;
Universidade de Toronto;
Fiocruz;
Instituto de Pesquisa Econômica e Aplicada - Ipea;
Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal - FAPDF;
Associação Brasileira de Pós-Graduação em Saúde Coletiva - Abrasco;
Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde - Conasem;
Conselho Nacional de Secretários em Saúde - Conass;
Centro de Informação e Informática em Saúde - CIS;
Secretaria Especial dos Direitos Humanos;
Ministério da Justiça;
Secretarias Municipais de Saúde da RIDE-DF.